Ο Στέλιος Παπαθανασόπουλος είναι καθηγητής οργάνωσης και πολιτικής των Μ.Μ.Ε. Διετέλεσε πρόεδρος (2007-2011) και αναπληρωτής Πρόεδρος (2003-2007) του Τμήματος Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Έχει διατελέσει αναπληρωτής διευθυντής (1996-2006) του Πανεπιστημιακού Ερευνητικού Ινστιτούτου Εφηρμοσμένης Επικοινωνίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, υπήρξε μέλος του Δ.Σ. του Ινστιτούτου Οπτικοακουστικών Μέσων (2006-2011) και είναι επισκέπτης καθηγητής του πανεπιστημίου City του Λονδίνου. Διετέλεσε επίσης επισκέπτης καθηγητής στο Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου, κι έχει επίσης διδάξει στα πανεπιστήμια του Ελσίνκι και του Σέφιλντ.
Είναι μέλος του ευρωπαϊκού ερευνητικού δικτύων Euromedia Research Group και διετέλεσε μέλος του ευρωπαϊκού ερευνητικού δικτύου Network of European Political Communication Scholars (2008-2018) και διετέλεσε μέλος των Ευρωπαϊκών Ερευνητικών Προγραμμάτων «Changing Media- Changing Europe» του European Science Foundation και τακτικό μέλος της Διαχειριστικής Επιτροπής στο πρόγραμμα COST «IS1308 -Populist Political Communication in Europe: Comprehending the Challenge of Mediated Political Populism for Democratic Politics». Από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19, διευθύνει το νέο μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών «Δημοσιογραφία και Νέα Μέσα» και από το 2015 είναι διευθυντής του Εργαστηρίου Δημοσιογραφικών Σπουδών και Επικοινωνιακών Εφαρμογών του Τμήματος Επικοινωνίας και ΜΜΕ του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Συμμετέχει στα ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα: α) «A response to online hate speech through the enhancement of high-quality professional and citizen journalism», β) «Euromedia Ownership Monitor» και γ) «European Media Platforms: Assessing Positive and Negative Externalities for European Culture»
Έχει κάνει πτυχιακές και μεταπτυχιακές σπουδές στα μέσα επικοινωνίας στην Ελλάδα, τη Γαλλία και την Αγγλία. Είναι διδάκτωρ του Πανεπιστημίου City του Λονδίνου και έχει γράψει μια σειρά από βιβλία στο εξωτερικό και την Ελλάδα.
Στο εξωτερικό έχει γράψει και επιμεληθεί τα βιβλία: (με Raplh Negrine), European Media; Structures, Policies and identities. (Polity and Blackwell Publishers, 2011), Media Perspectives for the 21st century (London: Routledge, 2011), (με Ralph Negrine) Communications Policy: Theories and Issues (London: Palgrave Macmillan, 2010), The Professionalization of Political Communication (με R. Negrine, C. Holz-Bacha, P. Mancini), (London: Intellect Publishers, 2007), Εuropean Television in the Digital Age (Polity and Blackwell Publishers, 2002), (με Raplh Negrine) The Internationalisation of Television (Pinter, 1990), (σε συνεργασία με Jill Hills) The Democracy Gap; The Politics of information and Communication Technologies in the United States and Europe (Greenwood Press, 1991).
Στην Ελλάδα έχει εκδώσει τα βιβλία: Απελευθερώνοντας την Τηλεόραση (Καστανιώτης 1993), Η Τηλεόραση στον Κόσμο (Παπαζήσης, 1994), Η Δύναμη της Τηλεόρασης (Καστανιώτης 1997), Η Βία στην Ελληνική Τηλεόραση (Καστανιώτης 1999), Η Τηλεόραση και το Κοινό της (Καστανιώτης 2000), Η Ευρώπη των Επικοινωνιών (Καστανιώτης 2002), Πολιτική και ΜΜΕ (Καστανιώτης 2004), Η τηλεόραση στον 21ο Αιώνα (Καστανιώτης, 2005). Έχει επιμεληθεί και γράψει στην έκδοση των βιβλίων: Τα Μέσα Επικοινωνίας στον 21ο αιώνα (Καστανιώτης, 2011), Επικοινωνία και Κοινωνία από τον Εικοστό στον Εικοστό Πρώτο Αιώνα (Καστανιώτης, 2001) και (με Μαρία Κομνηνού) Ζητήματα Δημοσιογραφικής Δεοντολογίας (Καστανιώτης 1999), Ανάλεκτα 2008 και Ανάλεκτα 2007 (Ινστιτούτο Οπτικοακουστικών Μέσων, Παπαζήσης, 2009 & 2008).
Έχει παράλληλα δημοσιεύσει μια σειρά δοκιμίων και μελετών σε ξενόγλωσσα ακαδημαϊκά περιοδικά, όπως είναι το European Journal of Communication, το Media Culture and Society, το Media International Australia, The International Journal of Harvard in Press and Politics, Political Communication, Journalism Studies, Intermedia, International Journal of Digital television, Javnost/the Public, Annals of the International Communication Association, Journalism, Journal of Computer-Mediated Communication, Social Media and Society, Eurozine καθώς και σε εξειδικευμένα περιοδικά των ΜΜΕ, όπως το Broadcast, το Television Business International, το European Television Analyst και το Cable and Satellite Europe.
Έχει τη διεύθυνση σύνταξης του πρώτου ελληνικού επιστημονικού περιοδικού για την επικοινωνία "Ζητήματα Επικοινωνίας" και είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής των επιστημονικών περιοδικών για την επικοινωνία Global Media and Communication, European Journal of Communication, Digital Media & Policy, Social Media and Society και Journalism Practice.
Διευθύνει τη σειρά «Επικοινωνία και Κοινωνία» στις εκδόσεις Καστανιώτη από το 1993 και με τη Susana Salgado τη σειρά Springer Studies in Media and Political Communication στις εκδόσεις Springer από το 2021.
Το 2010 δημιούργησε την ερευνητική ομάδα SMG έχοντας ως στόχο την εκπόνηση ερευνών και μελετών στο πεδίο της επικοινωνίας στις διάφορες εκφάνσεις του. Η ομάδα SMG παρέχει έρευνες σχεδιασμού, υλοποίησης και ανάλυσης πάνω σε θέματα επικαιρότητας, και σε ad hoc βάση για εξειδικευμένες έρευνες.